將測序預算集中在影響基因調控的已知甲基化區域。

1、通過檢測單獨的 CpG 可獲得比甲基化微陣列芯片更多的信息；

2、與全基因組重亞硫酸鹽測序 (WGBS) 相比成本更低；

3、通過簡化代表性重亞硫酸鹽測序 (RRBS) 和甲基化 DNA 免疫共沉淀 (MeDIP) 檢測未檢測到的甲基化區域；

4、對人和模式生物進行甲基化測序。